川巡抚李化龙等人因为对杨应龙观感很好，所以积极的向朝廷申诉。但是他们的申诉完全没有产生作用，因为他们的申诉抵不过播州银子的诱惑！
最后当地官府利用朝廷的旨意将杨应龙骗到重庆府，以“嗜杀”的罪名解除其职务，并且将他下狱！杨应龙为了脱身不得不向朝廷缴纳2万两白银赎罪，并表示可以带5000名士兵去辽东作战。
结果等他出狱的时候没赶上大军出发，所以他就直接回到播州去了。若是事情到此为止也就罢了，可是偏偏朝廷里面贪婪的人实在太多了！
在对杨应龙有好感的四川总督李化龙离职之后，新上任的四川总督王继光再次对“堪提”杨应龙，想要大捞一把！所谓的“堪提”就是官府下一纸文书，说你有罪，限你到指定地点来进行申诉！
而实际情况就是被“堪提”的人到了某个地点之后，人要么被软禁，要么直接下狱，直到交出足够的银子之后才能脱身！
而类似的事情杨应龙已经不止一次经历过了！他对这种勒索式的“堪提”根本已经是无法再接受了！所以这次王继光再次提出“堪提”的时候，杨应龙直接回信表示自己无罪，不去！
于是王继光立刻以此为由率领3000名士兵入境，准备冲进播州擒拿杨应龙！结果却被杨云龙全歼于娄山关白石口！而作为始作俑者，王继光得到的惩罚仅仅是罢官而已！估计真正的理由是因为他没打赢！
击败围剿的官军之后，杨应龙觉得事情必然会走向恶化，所以开始扩充军队，修建关隘，实行武力自保！同时也积极的向朝廷斡旋，希望能够缓和与朝廷之间的关系。
就在公文往来的时候，杨云龙没有放松好对防御设施的建设。他召集民夫工匠重修了天险海龙屯，还设置了前后九关！同时还在谷口咽喉之地建筑了海门关，以便封锁家峡口。在下游修建海牙关好阻断进山的水路；又在三元山设置营寨已控制山路窄径。同时加固了播州四境之内的几十处险要关卡，组成了非常严密的攻防体系！
他在跟朝廷交涉了很久之后，朝廷派重庆知府王士琦惩处杨云龙的“冲杀官军之罪”！而杨应龙也很想用和平方式解决这次纠纷，就将自己五花大绑，下跪请罪！还交出了十二名属斩首！还将黄平，白泥等5