这种统军权与调军权分离、将不专军、军不私将的制度，出发点是保证皇帝对全国军队的控制。
据《明史兵志二》载：“天下既定，度地害要，系一郡者设所，连郡者设卫。大率五千六百人为卫，千一百二十人为千户所，百十有二人为百户所。所设总旗二，小旗十，大小联比以成军。”
每卫设指挥使1人，正三品，是卫的最高统领；指挥同知2人，从三品；指挥佥事4人，正四品；卫镇抚2人，从五品。每卫通常统辖5个千户所，千户所分布在卫城周边，每个千户所军士编制1120人，每卫军士编制5600人，这个编制未包含居于卫所的军士家属，卫的编制可以视作5600户军户家庭。
卫大致相当于现代军队的师一级，卫指挥使相当于师长；卫指挥同知相当于副师长；卫指挥佥事，分管本卫重要事务，相当于师参谋长；卫镇抚分管本卫的司法刑狱纠察，相当于师宪兵负责人。指挥使、指挥同知和指挥佥事是卫的核心领导层。