宦官石显的专权，实际上正是汉元帝纵容的结果。在帝制时代，大权旁落乃为君之大忌，尤其是想要有所作为的君主，必须善用最高权力施展抱负。
中年去世
竟宁元年(公元前33年)五月，汉元帝在长安未央宫去世，终年四十二岁。葬于渭陵(今陕西咸阳市东北12里处)。死后庙号高宗，谥号孝元皇帝。太子刘骜登基，是为汉成帝。[
为政举措
改革陵制
汉元帝永光四年(公元前40年)十月，汉元帝下令西汉帝王诸陵依其地界分属三辅管理，此前诸陵总属太常管理。又以渭城寿陵亭部原上为初陵，诏令不要重新建立县邑和迁徙国民。
汉匈和谐
宣帝时期，随着汉朝国力的增强，匈奴力量一再削弱，汉匈关系发生了历史性的变化。宣帝神爵二年(h
（公元前60年)以后，匈奴统治集团内部出现权力之争，初有“五单于争立“，互相不容，屠戮兼并，西汉“单于天降“瓦当最后形成呼韩邪单于与郅支单于的对立。在汉元帝期间，在汉匈关系上出现了两件大事，一件是陈汤平灭郅支，一件是昭君出塞。平灭郅支汉元帝刚即位的时候，匈奴郅支单于自以为与汉朝距离遥远，加之怨恨汉朝支持他的仇敌呼韩邪单于，就有与汉绝交之意，并与康居王勾结起来，在都赖水(今恒逻斯河)畔兴建了一座郅支城(今江布尔)，作为自己进一步扩张势力的基地。郅支将势力向汉西域发展，直接威胁汉朝在西域的统治。
建昭三年(公元前36年)，新一任西域太守对匈奴发动攻击，获得大胜。至此，汉朝最后消灭了虎视西域的敌对势力。以后近40年，西域维持着和平状态，丝绸之路也畅通无阻。陈汤为官虽有不少劣迹，但他矫诏兴兵、平灭郅支的功绩应当肯定。和亲匈奴郅支被杀之后，呼韩邪单于既为消灭政敌而高兴，又畏惧汉朝的威力。竟宁元年(公元前33年)正月，呼韩邪单于第三次入长安朝汉，并表示愿娶汉女为阏氏。
元帝也愿意用婚姻的形式巩固汉、匈之间的友好关系，就以宫女王嫱配他为阏氏。汉元帝认为这次政治联姻可使“边陲长无兵革之事“，特意把年号改为“竟宁“，意即边境安宁之意。呼韩邪单于封王昭君为“宁胡阏氏“，