名义上也是百官之长，但实际权力仅管理例行政务，往往不参与重大政务的决策。初期置六卿、永安二年（公元259年）完备九卿； 永安五年（公元262年）置御史大夫分设左右。宝鼎三年（公元268年），省左右御史大夫，始置三公。
孙吴政治中起到重要作用的是大司马（或分为左大司马，右大司马）、上大将军、大将军等内朝将军，这些将军外则领军，内则领政，是事实上的宰相 。
东吴初置奉常，黄武四年（公元225年）改太常，太常置博士。东吴初置郎中令，黄龙元年（公元229年）改光禄勋，有三署中郎将、领三署郎，还有羽林督，绕帐督、帐下左、右部督，皆领卫兵。初置大理，后改廷尉。初置大农，后改大司农。卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、少府诸卿建置都与曹魏、蜀汉同。东吴在屯田各郡置典农都尉，统辖属县，职如太守。典农都尉掌管军粮，不属于大司农。这不同于曹魏制度。孙权初年设左节度，专掌军粮会计。
宫官有大长秋，设置略如曹魏制。又有太子太傅、太子少傅。
黄龙元年（公元229年）置左辅、右弼、辅正、翼正都尉，为太子四友。又有太子宾客及率更令、中庶子、庶子、辅义都尉、左、右部督等。
门下官散骑常侍，给事黄门侍郎、散骑侍郎等设置略与曹魏同，但地位不甚重要。
尚书分选曹、户曹、左曹、贼曹等四曹，可见东吴尚书职任较曹魏为轻。
中书监设中书令、仆射、丞、郎、令史等。
御史台设御史中丞，督军粮御史及监农御史，又置中执法，左右执法各一人。在殿中察举违法行为，也称侍御史。
武职官有领军将军；左领军、右领军；中护军、左护军、右护军；中典军、左典军、右典军。又中垒将军掌宿卫兵。有抚军将军、征南将军、征西将军、征北将军，征东将军；有平南将军、平西将军、平北将军，平东将军。因为孙坚曾任破虏将军，孙策曾任讨逆将军，不置破虏将军、讨逆将军。
法律制度
孙吴法规主要有“科”、“令”。见于正史《三国志》记载的孙吴立法工作主要有三次。
第一次是黄武五年（公元226年）十月，陆逊