伏波将军，任命扶乐侯刘隆为副将，并总督楼船将军段志的水师一并南下平定叛乱。
后因段志病逝，马援又直接统领段志的水师。
之后，大军沿着南海前进，于第二年春到达浪泊上游；
与叛军接战，大败叛军，斩首数千人，投降者万余人。
马援追击征侧至禁溪，多次大败征侧，叛军分散逃走。
建武十九年正月，马援诛杀征侧、征贰，将首级传送至洛阳；
因功受封新息侯，赐食邑三千户。
之后，马援率军继续征剿征侧余党都羊等人，斩杀擒获五千余叛军。
至此，二征叛乱完全平定。
二征叛乱平定后，马援上奏朝廷，因西于县。
“马援进军沿途经过的每个郡县，都为当地修建城郭，挖掘灌溉水渠，做了许多有益于当地民众的事情。”
“因当地越人法律与汉朝法律有十余处相冲突，马援又逐条向朝廷上奏说明。”
“马援还向当地越人解释法律，加以约束。”
“从此以后，南岭骆越人按照马援说明的法律治理当地。”
“刘秀因马援平叛有功，赐给马援兵车一乘，朝见时的地位仅次于九卿。”
“马援征讨交阯得胜后回军，于建武二十年九月抵达京师。”
“一个月后，匈奴、乌桓侵犯扶风。”
“马援以三辅受到袭扰、先帝陵园受到威胁之由，奏请皇帝出兵，刘秀准奏。”
“同年十二月，马援便又率军出征。”
“但因乌桓军惧怕马援，见到马援后随即撤兵，此战马援无功而返。”
“建武二十四年，武威将军刘尚攻打武陵郡五溪蛮夷，全军覆没。”
“时年六十二岁的马援请命出征。刘秀因怜惜马援年老，没有准奏。”
“但马援再次上奏请战，并在刘秀面前展示自己老当益壮。”
“于是，刘秀批准马援带军征伐五溪蛮夷。”
“第二年春，汉军进抵临湘，正好碰上五溪蛮夷攻打县城。”
“马援指挥汉军迎战，大败贼寇，斩杀擒获二千余人，其余都四散而逃，进入深山竹林。”