同年十一月，王阳明上疏劝谏营救戴铣等人，触怒刘瑾；
次月，王阳明被罚廷杖四十、羁押入狱。
正德二年春，王阳明谪官贵州龙场驿丞；
赴任途中又遭遇锦衣卫追杀，险些命丧舟山，幸得邻居沈玉殷相助逃脱；
随后，王阳明又从福建辗转至南京，探视了受其牵连而贬官的父亲王华。
明武宗正德三年夏，王阳明赴任龙场时，那里还是一片荒莽之地，且瘴疫盛行，他先是栖身在蔓荆从棘中，而后觅得一石洞筑草庵居住，阳明小洞天也由此而得名。
安顿之后，王阳明又率人伐木筑室，先后建有何陋轩、君子亭，其间他还曾作诗自诩《君子亭记》。
自幼锦衣玉食的王阳明，在遭遇一系列人生变故后，突然于贵州龙场顿悟，创造性地提出了“良知”“心即理”“知行合一”说，史称龙场悟道。
伴随着阳明学说的渐次传播，贵阳提学副使席元山闻言率先拜谒王阳明，两度求教朱熹、陆九渊学说之奥妙，这也是王阳明首次讲授知行合一思想。
同年，王阳明受邀前往贵阳书院执教讲学，并在此提出了著名的教条示龙场诸生的教育主张，即：立志、勤学、改过、责善。
这一年，王阳明38岁。
明武宗正德四年冬，王阳明谪官期满，由贵州龙场驿丞升任江西庐陵知县。
次年四月，都御史杨一清、太监张永联名揭发刘瑾谋反篡位，刘瑾翌日伏法被诛。
及至十月，王阳明奉旨回朝，出任南京刑部清吏司主事，随后朝觐入京。
正德七年十二月，升任南京太仆寺少卿。
正德九年四月，又擢南京鸿胪寺卿。
此后两年多，王阳明栖居南京期间，弟子门人大增，除处理政务及论道讲学外，王阳明的大多精力都用在了选辑《朱子晚年定论》上。
明武宗正德十一年八月，经兵部尚书王琼举荐，王阳明又擢升都察院左佥都御史，巡抚南、赣、汀、漳等地。
“王阳明赴任之前，南中地带已是盗乱四起，南赣汀漳巡抚连换数任均不能止兵息戈。”
“山贼聚结守险，抢劫商贾，对抗官府，规模越闹越大，南安府屡次