小智和小霞带着学生们来到了波尼岛为期一周的自由研究的课程，波尼岛的乔伊小姐在码头迎接小智一行人。
乔伊小姐道：“阿罗拉，欢迎来到波尼岛。”
“阿罗拉！”
小智道：“从今天开始，就麻烦乔伊小姐对学生们多多照顾了！”
乔伊小姐道：“尽管交给我吧！”
小霞道：“这次的自由研究大家都已经确定好课题了吧！”
马玛内道：“我先来说说吧！我的课题是想让虫电宝在波尼岛上完成进化，我听说在波尼岛上更容易成功呢！”
乔伊小姐道：“确实，你可以去波尼岛的大峡谷看看。”
马玛内道：“这是一个重要的情报！虫电宝我们一起加油吧！”
卡奇道：“我要在波尼岛的大自然中打磨自己静心修炼，超越现在的自己。”
玛奥道：“我呢是要找到波尼白萝卜然后给艾纳餐馆的菜单上加入新菜品。”
洛托姆图鉴疑惑道：“波尼白萝卜？我还是第一次听说洛托！”
乔伊小姐帮忙解释道：“是这个岛上特有的白萝卜，长度惊人，所以很难拔，要小心不能折断。”
水莲道：“我呢是要去见伊雅小姐，我们在信中已经说好了！”
最后轮到了莉莉艾说自己的课题了，但是莉莉艾却看着波尼岛的港口愣神，小智提醒道：“莉莉艾。”
莉莉艾回过了神道：“抱歉啊！我是在想我们都是第一次认真来到波尼岛，虽然之前来过了好几次，但都是直接去的日轮祭坛。”
卡奇道：“我们都还是第一次认真参观波尼岛呢！”
莉莉艾道：“是啊！所以我的研究课题是想要观察岛上的宝可梦们，给它们做观察记录。”
小智笑道：“那么接下来的一周时间，大家就为了完成自己的研究课题而奋斗吧！”
库库伊博士最近为了联盟大会的建造场地忙得不可开交，这次的自由研究之行，小智还受到了库库伊博士的委托，找新的继任者接任波尼岛的岛屿之王。
波尼岛的前任岛屿之王索夫乌因为身体和年纪双方面的原因已经从岛屿之王的位置上隐退，一年前索夫乌先生就已经去世了