利、比利时、荷兰以及德国等国君主。 可是到18世纪，这个家族却突然衰落，其原因令人困惑。然而科学家们最新研究发现，乱伦和近亲结婚可能是导致这个欧洲皇室家族衰落的主要原因。哈布斯堡王室家族成员流行与他们亲属结婚的传统，以此保持家族血统纯正。但此举却对他们的后代产生可怕的结果，这些遗传疾病在最后一位直系继承人卡洛斯二世身上的表现最明显。卡洛斯二世绰号“中魔者”（西班牙语：el hechizado），因为当时的人们认为，卡洛斯二世的身体和心理疾病是巫术诅咒造成的结果。直到四岁后，卡洛斯二世才会讲话；直到8岁后，他才会走路；他的个子很矮，身体也相当纤瘦而且孱弱；他对周围的一切事物几乎都不感兴趣；他30岁的时候，看起来却老态龙钟，腿、脚、腹部以及脸上都浮肿；在他去世前的几年，他几乎不能自己站立，还遭受着幻觉和痉挛的折磨。科学家们的研究显示，由于遗传祖先紊乱基因，卡洛斯二世至少遭受两种遗传疾病的困扰。一种是造成荷尔蒙失衡的垂体激素不足，影响了他的生长发育；第二种是肾疾。 此外，卡洛斯二世还患有家族成员特有的“哈布斯堡唇（下颌前突畸形）”畸形，他的舌头很大，以至于他说话困难，经常流口水。他的头也太大，肠道位置颠倒，身体经常抽搐等。尽管卡洛斯二世身体畸形，并有严重的健康问题，但他依然结过两次婚，希望继续维持哈布斯堡王朝的统治。但是直到他39岁去世，也没有留下任何继承人，哈布斯堡王朝在西班牙的直系从此灭亡。在卡洛斯二世之前的200年中，11次婚姻中有9次是近亲关系，包括两对舅舅和外甥女的婚姻，两对第一代堂兄弟姐妹之间的婚姻。卡洛斯二世的父亲腓力四世是他母亲奥地利的玛丽亚·安娜的舅舅，他的曾祖父腓力二世也是他曾祖母奥地利的安娜的舅舅，他的外祖母西班牙的玛丽亚·安娜同时也是他的姑姑。哈布斯堡王朝的座右铭就是：“让其他人发动战争，而你们，快乐的奥地利人，就去结婚吧！”以此赞美家族成员互相结合的趋势。
西班牙的哈布斯堡王朝于1700年绝嗣而亡，而奥地利的王朝于1740年绝后，随即被分支哈布斯堡-洛林王朝取代，直至1918年帝国被奥地利共和国取代。部分哈布斯堡王族后裔依然生存，分别定