吏所诬构者到其手中，徐有功皆为平反辩冤，前后因其得以存活者数十百家。尝与酷吏廷争狱事，太后厉色诘之，左右战栗，徐有功神色不挠。
太后虽然生性好杀，亦知徐有功为人正直，反而甚为敬惮，曲意保全。
时有颜余庆参预越王李贞父子谋反，法官判以族诛，徐有功以为既诛魁首，当恕支党，力争不可。武则天厉言怒责，徐有功明辩不屈，颜余庆终得免死。
又有韩纪孝曾任徐敬业伪官，其身死之后，法官判籍没其家，亦是徐有功争之，家属得以免难。
徐有功转任秋官郎中，有风阁侍郎任知古、冬官尚书裴行本等七人被诬当死，武则天赐免。酷吏来俊臣等不肯，固请必要依法处斩，徐有功承顺太后旨意，力争救之。
皇甫文备与徐有功共同治狱，曾诬徐有功纵容逆党；其后皇甫文备因事下狱，徐有功却不以私害公，力言文备罪不当死，终救其出狱。
酷吏皆对徐有功嫉之如仇，然而酷刑终因此而稍衰，徐有功阴德厚焉。
司刑丞李日知乃荥阳人氏，亦尚平恕之道，不以酷烈为然。少卿胡元礼欲杀一囚，李日知以为不可，往复数日为囚申辩。
索元礼怒道：我若不离刑曹，此囚终无生理！
李日知答道：日知若不离刑曹，此囚终无死法！
二人各自具状上奏，武则天亲自审理其状，证明李日知果直，其囚犯终获赦免。
李日知自此亦被酷吏视为眼中之钉，肉中之刺。
武承嗣欲尽除李唐宗室，遂指使周兴罗织诬告隋州刺史泽王李上金、舒州刺史许王李素节谋反，由是派人逮捕，征诣行在。
李素节自舒州被押送进京，路闻家遭亲丧痛哭于宅者，遂长叹道：此若是寿终正寝病死，幸何可得，乃更哭邪！
至于龙门，则被押解之吏奉武承嗣密令缢杀之。
李上金不愿受辱于监押之吏，自杀于随州府衙。武承嗣上奏其乃畏罪自死，武则天便即下令，悉诛其诸子及支党。
八月，杀太子少保、纳言裴居道及尚书左丞张行廉。又杀南安王李颍等宗室十二人，更鞭杀故太子李贤二子。又诛亲党数百家，唐之宗室于是殆尽，幼弱存者亦流岭南。