还有忍界联盟的国家中有一个特殊的国家，那便是雨之国，雨之国做为一个小国本来和其他小国没有区别，但因为漩涡长门的缘故，让它变得不同：
首先个人实力上，丢失了一颗轮回眼，减轻身体负担，并因为漩涡一族血脉的觉醒，身体得以恢复的他实力并没有减弱，最重要的是之后为了增强忍界联盟的实力，移植了柱间细胞使得他身体彻底康复，并且不知道是因为轮回眼还是漩涡一族血脉的原因，他不但查克拉量爆增，彻底解决了轮回眼的消耗，并且觉醒了木遁，而且他的木遁也就比初代火影不施展仙术弱上一些。这样一来他的实力远超之前拥有两颗轮回眼的时候，此时他也就比初代火影生前弱上一点，但也属于同一阶实力了。
其次便是如今雨之国的实力，可以说并不比风之国弱，之前漩涡长门在围攻流星一役后，便开始搜集星海帝国的情报，后来在丢失轮回眼后明白真相以后就开始改革雨之国，将星海帝国的政策几乎照搬到了雨之国，虽然他没有流星能够融炼查克拉种子赋予平民的能力，但也使得雨之国的发展速度远超他国，经过几年的发展让雨之国的整体实力不输给风之国了。
这样一来雨之国便成了忍界联盟中特殊的存在，火之国要想合并众多国家，就怎么也避不开雨之国。但漩涡长门又怎么可能同意让雨之国加入火之国呢？他坚定的态度一时间让火之国大名和木叶村的高层没有办法，以至于以三代火影猿飞日斩和火之国大名为首的势力打算对雨之国出手，而他们毫不掩饰的恶意也让漩涡长门察觉，这让他有了退出忍界联盟的心思。
在这样的情况，漩涡长门决定带着小南离开木叶村返回雨之国，为了安全，他们并没有和任何人告别，而是给自来也留下一封告别信后便悄悄的离开了木叶村，而他们的离开，引发了各国代表离开的心思，纷纷提出要返回自己的国家，这也意味着成立几年的忍界联盟人心彻底散了。没有人宣布，但所有人明白当他们离开后再没有忍界联盟了。