拉涅利时代的战术体系还能给约翰逊一些容错空间，但穆里尼奥则强调强硬的防守，防守稳健的费雷拉显然受穆里尼奥重视。此后的两个赛季，格伦·约翰逊大部分时间只能坐在替补席上观战。
2004-05赛季，他在英超比赛中出战了16场，帮助切尔西拿到了该赛季的英超联赛冠军。各项赛事出战28场，总计送出3个助攻。而在2005-06赛季，约翰逊在各项赛事中的出场次数只有8次。在斯坦福桥看不到丝毫未来的约翰逊只好被再次外租。
2006年8月，在斯坦福桥得不到主力位置的约翰逊加盟了雷德克纳普执教的朴茨茅斯。在雷德克纳普的悉心调教下，约翰逊在防守中的对抗能力得到了充分的挖掘。虽然约翰逊依旧在进攻端投入巨大精力，但愈加强壮的身体却总是能让他在失去位置的情况下找回身位。
2006-07赛季，约翰逊共代表球队出场28场比赛，出色的表现已让他成为队中举足轻重的人物。2007年8月31日，约翰逊永久转会朴茨茅斯。2007-08赛季，约翰逊的出场次数进一步提升，36场比赛中打进1球送出5个助攻，在约翰逊的帮助下，那个赛季的朴茨茅斯最终取得了英超第八名的成绩。
2008-09赛季，随着高中锋克劳奇的加盟，约翰逊下底传中的威力得到了最大限度的施展，他在36场比赛中打进3球送出7个助攻。他的防守稳定性也得到了提升。在朴茨茅斯效力的这三个赛季可以说是约翰逊职业生涯的转折点，正是这三年的稳定表现，为他赢得了重返豪门的机会。
2009年夏天，约翰逊以1700万英镑的身价转会加盟利物浦。加盟首个赛季，约翰逊就在35场比赛中贡献3个进球和5个助攻。此后的几个赛季，约翰逊在利物浦的发挥还算稳定，可惜这段时间正是利物浦的低谷时期，他只跟随球队夺得了一次联赛杯的冠军奖杯。约翰逊共计代表利物浦出场200次，打入9球，助攻18次。
2015年7月12日，自由身的约翰逊加盟斯托克城，在斯托克城，约翰逊在三个赛季中出场64次送出3个助攻，2017-18赛季结束后，斯托克城没有与约翰逊续约。此后，约翰逊一直没能找到合适的下家，2019年1月21