接手执掌利物浦，亨德森重新焕发出活力，在比赛中表现愈发亮眼。他在44场比赛中打进6球送出5个助攻，不过，在2012年8月，新任主教练罗杰斯曾经萌生出将亨德森卖给富勒姆的想法，亨德森情绪一度十分低落，但这一决定随后在一众球员的反对声中被驳回。
2013-14赛季，亨德森在30场比赛中打进5球送出7个助攻，是利物浦中场不可或缺的一员。2014-15赛季，本赛季，亨德森足足出场了54场比赛，打进7球送出14个助攻，这毫无疑问是亨德森发挥最为出色的一个赛季。
2015年4月23日，俱乐部宣布将亨德森的合同延长至2020 年。根据新合约他将获得每周10万英镑的薪水。2015 年7月10日，利物浦官方确认乔丹亨德森成为俱乐部新队长。
2015-16赛季，刚刚成为球队队长的亨德森发挥不佳，赛季开始后不久，亨德森受困于右脚后跟的伤势，他的伤势不断加重，直到跖骨骨折后，亨德森接受了手术，但在重新入队前，他的右脚再次骨折。亨德森在一次采访中承认足跟问题源于无法治愈的足底筋膜炎。
受伤使他错过了与接任罗杰斯的新任主教练克洛普的见面会。缺席近3个月后，亨德森重返赛场。然而2016年4月初，他的膝盖韧带撕裂，于是不得不坐在替补席。一系列伤势对球队的负面影响极大地影响到他身为队长的威望。
本赛季，亨德森只出场了26场比赛，打进2球送出3个助攻。
2016-17赛季，尽管上个赛季中麻烦重重，球队仍然在2016-17赛季为亨德森保留了队长位置。亨德森在该赛季出场27次，进球1个，助攻4次。因为2月份的严重伤病，亨德森缺席了2月以后的所有比赛。
2017-18 赛季，亨德森伤势好转。他总计带队出场41次，打进1球送出2次助攻，并引领利物浦打进了欧冠决赛。
2018-19赛季，新赛季开始后不久，利物浦宣布与亨德森签订为期5年的续约，续约至2023年。签约后，亨德森强调他想在职业余生中尽可能陪伴利物浦队成长，辅佐球队荣戴桂冠。
该赛季，随着法比尼奥在中场位置上的成长，亨德森默认