【小刚：要开始城都地区的旅行了。】
【小建：黑小智的做事风格很干脆，那些盗猎团恐怕是出不来了，而乘龙也还是回归了族群，不过有着波导标记，黑小智倒是不怕找不到乘龙。】
【亚玄：那是乘龙身上的波形，万物皆有波导，但极少能跟这种波导产生呼应的，黑小智的水箭龟就是能够跟波导产生呼应的。】
【嘉德丽雅：原来如此。】
白世界——
小智一行人在结束了橘子群岛的旅行之后，下一个目标就是城都地区。
橘子联盟的获胜对于小智来说其实只是一个开始，小智他也成功意识到了自己的不足，如果想要成为一名真正的宝可梦大师，他还需要继续努力呢。
如果要挑战城都联盟的话，就要先到城都联盟的若叶镇的宝可梦中心进行登记。
小智一行人就在森林中遇到了一只通体散发着柔和蓝色荧光的宝可梦悄然出现，只能隐约看到大致的轮廓。
那只宝可梦看了眼小智，便是跳开，身姿矫健，一瞬间在众人眼前消失。
刚刚那是什么？
小智一行人都很惊讶。
【科拿：水君？小智还真遇到水君了呀，看来白小智也是虹之勇者，即使没有虹色之羽，也不碍事。】
【希巴：我记得凤王的考验是先让虹之勇者击败水君它们，然后再跟凤王战斗是吧？】
【马志士：妈耶，那可是神兽，小智可以吗？】
【小智：应该吧，不试试怎么知道呢。】
【水京：这么容易就见到水君，为什么我没这样的运气！
还有我为什么不是虹之勇者！】
正要到宝可梦中心登记，发现乔伊小姐不在，从而出去寻找时，收到了空木研究所被偷走小锯鳄的消息。
这个空木博士是大木博士的学生，对于研究宝可梦非常上头，一不留神就会沉浸在自己的世界中，就这样将第二天要给新人训练家的小锯鳄给弄丢了。
小智一行人加入了寻找小锯鳄的队伍中。
果然，事情是火箭队干的，小智找到了罪魁祸首火箭队。
经过一场战斗后，火箭队又飞走了，小锯鳄就留了