闻师至，相先归附，师为抚慰，皆按堵如故”。
尽管尹志平利用宗教的号召力，为元统治者效劳，但因其影响过大，引起了元统治者的猜忌。因此在元宪宗时期的佛、道“化胡经”之争中，元统治者持明显的袒佛立场，使全真道在（宪宗八年和至元十八年）佛道大辩论中两次败北，予全真道以沉重的打击。全真道发展的鼎盛局面，亦随之宣告结束。
这之后，全真道处境十分困难，教徒的发展受到限制，斋醮被禁止举行。直至成宗即位后的元贞元年（1295）禁令解除，全真道方才从艰难处境中解脱出来。
全真道的发展尽管有低谷，但并没有停滞。元朝实现南北统一后，为原在北方的全真道提供了南传的条件。武当山首先成为全真道的重要据点。继武当山之后，全真道继续南传至苏、浙、闽、赣等地区。全真道的南传，使原来互相隔绝、但却同源于钟吕金丹派的南、北二宗增加了接触的机会，逐渐产生了合为一宗的要求，特别是组织松散、势力弱小的南宗更有回归全真道的愿望。在陈致虚的积极推动下，元代中后期二宗合并，共尊东华帝君、钟离权、吕洞宾、刘海蟾、王重阳为五祖，传北七真(即全真七子：马钰、谭处端、刘处玄、丘处机、王处一、郝大通、孙不二)、南七真(张伯端、刘永年、石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾、彭耜)。南北宗合并后仍称全真道。全真道除合并南宗以外，元代中后期又合并了真大道、楼观道和部分净明道，成为唯一的一个丹鼎大派，与符箓大派正一道平行发展。
自元成宗即位解除了对全真道的禁令后，全真道每任掌教皆授被封为真人、演教大宗师、知集贤院道教事。
入明以后，明太祖对正一派表现出强烈的支持意向，道录司各级道官也大都以他们充任，全真道士被召见和受委任者极少。全真道遂分裂为诸多小派各自活动。
清朝初年，全真道龙门派宗师王常月应运而出，以振兴道教，恢复祖风自任，传戒弘教，使明代沉寂已久的全真龙门派出现了中兴景象。
而到了近代，某光头跑路前强行带走了中国当时重要的3个宗教人物。第一位是孔子的直系后人，第七十七代嫡长孙孔德成。第二位章嘉活佛，是藏传佛教格鲁派最重要的活佛，而且他曾在清朝朝廷