源界探索联盟在解决了一系列内部矛盾后，迎来了短暂的平静发展期。然而，这份平静之下，却暗潮涌动。
在源界能源开发进程中，新的危机悄然浮现。源界能源转换装置在大规模应用后，被发现对源界的能量场产生了一种微妙的干扰。一些区域的源界能量流动开始出现紊乱，这直接影响到了源界生物的生存环境。原本和谐共生的源界生态系统，出现了局部失衡的现象。例如，某些依赖特定能量频率生存的源界植物，开始出现枯萎与变异，而以这些植物为食的源界生物链也随之面临断裂的危险。
联盟的科学家们迅速察觉到了问题的严重性，他们组成紧急科研团队，全力投入到对源界能源转换装置的改良工作中。经过无数次的实验与模拟，他们提出了一种全新的能量转换理论，旨在降低转换装置对源界能量场的干扰。然而，这一理论的实践需要耗费大量的资源与时间，并且在实施过程中，需要暂停部分源界能源的开发项目，这又引发了商业势力与部分急需能源支持的文明的强烈反对。
与此同时，在源界的深处，那些古老遗迹所蕴含的秘密似乎在逐渐苏醒。随着对遗迹研究的深入，联盟发现这些遗迹中隐藏着一种强大而神秘的力量。这种力量不同于源界现有的能量形式，它更像是一种能够塑造与改变源界规则的本源之力。一些野心勃勃的势力开始觊觎这种力量，试图将其据为己有，以实现自己在联盟乃至整个宇宙中的霸权地位。
在一次对遗迹核心区域的探索任务中，一支由多个文明成员组成的探险队遭遇了神秘袭击。袭击者身份不明，他们身着奇异的装备，能够操控一种黑暗能量，这种能量与遗迹中所蕴含的神秘力量有着某种相似之处。探险队在遭受重创后，艰难地撤回了联盟基地。此次事件引发了联盟内部的极大恐慌与猜疑。各个文明之间开始互相猜忌，曾经建立起的信任基石开始出现裂缝。
宇宙文明中的军事力量主张加强军备，以应对可能来自内部或外部的威胁。他们认为，只有拥有强大的军事威慑力，才能确保自身文明在这场未知的危机中生存下来。于是，一场军备竞赛在联盟内部悄然兴起。原本用于源界探索与开发的资源，被大量地转移到军事建设上。战舰、武器装备等的研发与制造如火如荼地进行着，