联合舰队成功阻止神秘势力解封古老力量，泽塔星系恢复平静。然而，大战过后，这片星系满目疮痍，战舰残骸如死寂的流星漂浮，部分星球生态遭严重破坏，幸存的文明陷入混乱与重建的艰难进程。
联合舰队并未撤离，积极协助泽塔星系展开救援与重建。医疗舰穿梭于各星球，为受伤生命提供救治；工程舰修复受损的星球基础设施，从能源供应站到城市建筑框架逐步搭建。舰长在指挥舰上密切关注各项行动进展，“救援与重建是我们的责任，务必确保泽塔星系能尽快恢复生机。”
林宇带领突击小队成员投身于救助工作。他们深入受创严重的星球地表，帮助疏散被困民众，搭建临时避难所。在一个被战火波及的城市废墟中，林宇听到微弱呼救声，带领队员迅速挖掘，救出一名被困在坍塌建筑下的小女孩。小女孩惊恐的眼神望着林宇，泪水在眼眶中打转，林宇轻声安慰，将她抱上前往医疗舰的飞行器。
在救援同时，科研团队对神秘势力留下的科技与遗迹展开研究。他们发现神秘势力的能量技术虽邪恶，却蕴含先进理论，或许能为联盟科技发展带来突破。科研人员艾丽在神秘建筑残骸中找到一块破损的能量晶体，晶体散发微弱幽光，内部能量流动复杂且独特。她将晶体带回实验室，与团队日夜钻研，试图解析其中奥秘，期望能找到新的能源利用方式或防御技术。
然而，和平表象下暗潮涌动。在泽塔星系边缘的一个荒芜星球，一艘小型侦察舰悄然靠近。舰上是一群神秘势力的残余分子，他们在暗处观察着联合舰队的行动。头目克鲁斯目光阴沉，看着手中关于联合舰队救援部署的资料，“他们以为胜利了，不过是暂时的。我们蛰伏起来，等待时机，给他们致命一击。” 残余分子们开始在星球内部建立秘密基地，修复受损设备，收集周边星际资源，企图卷土重来。
与此同时，在联盟的核心星球，一场高层会议正在进行。联盟领袖们齐聚一堂，商讨泽塔星系战后事宜及联盟未来发展。“这次胜利虽阻止了神秘势力的疯狂计划，但我们不能掉以轻心。”一位白发苍苍的领袖神情严肃地说道。众人纷纷点头，意识到此次危机只是冰山一角，宇宙中或许还隐藏着未知威胁。
会议决定，一方面加大对宇宙探索的