宇宙文明联盟凭借新能量技术蓬勃发展，星际航行更加便捷高效，各星球间的交流与合作日益频繁，文化、科技、经济相互交融，一片繁荣景象。但平静之下，暗流涌动。
被击退的外部势力并未善罢甘休，他们联合其他星际强盗势力，组成了一支更为强大且隐秘的联军，在宇宙的暗处策划着对联盟的致命一击。同时，联盟内部因新能量利益分配产生的细微矛盾，也被一些别有用心的势力暗中煽动，虽未引发大规模冲突，却在各文明间埋下了不信任的种子。
艾莉丝在联盟总部的科研中心，带领团队进一步深化新能量的研究与应用拓展。他们试图将新能量与生物科技结合，开发出能够增强生命体潜能的技术，但实验进展缓慢，且出现了一些难以解释的异常现象。实验样本在接受能量刺激后，基因出现了不稳定的变异，部分甚至产生了狂暴且具有攻击性的行为倾向，这让艾莉丝深感忧虑。
此时，联盟边境的一些小型哨站突然失去联系。联盟议会紧急派遣侦察舰队前往调查，却发现这些哨站遭受了不明势力的袭击，现场一片狼藉，残留的能量波动显示攻击武器蕴含着与联盟新能量相似但又更为扭曲的力量。艾莉丝接到消息后，意识到这可能是外部联军的试探性攻击，他们不知通过何种手段获取了新能量的部分技术，并进行了邪恶改造。
联盟议会迅速召开紧急会议，商讨应对策略。各方意见不一，部分文明主张主动出击，寻找联军巢穴并予以摧毁；另一部分则建议加强边境防御，等待时机。艾莉丝站出来提出，应先深入调查联军获取新能量技术的途径，以及他们改造后的能量特性，以便制定更有效的反击方案。议会最终采纳了她的建议，派遣艾莉丝带领一支由顶尖科学家、特工和战士组成的特别行动队，秘密潜入可能与联军有联系的星系展开调查。
行动队乘坐一艘经过隐形改装的飞船出发，一路上小心翼翼地避开联军的巡逻范围。在一个被怀疑是联军物资转运站的星球附近，他们成功捕获了一艘联军运输船。通过审讯船员，得知联军与一个神秘的星际黑市组织勾结密切，这个组织擅长窃取和贩卖高科技武器与技术，联盟的新能量技术很可能就是通过他们泄露出去的。
艾莉丝决定将计就计，让队员伪装成