然而，起义地区的社会秩序重建并非一帆风顺。一方面，秦军的围剿使得起义地区时常处于战乱之中，破坏了重建的成果。另一方面，起义军内部不同势力之间的矛盾，有时也会影响到重建工作的顺利进行。但无论如何，起义军在社会秩序重建方面的尝试，为未来新政权的建立积累了经验，也为百姓带来了一丝希望。
面对起义军势力的不断壮大，秦朝中央军队不得不对战略进行全面调整，然而，这一过程中也面临着诸多严峻的挑战。
中央军队开始收缩防线，集中优势兵力对起义军的主要力量进行重点打击。此前分散在各地的军队被重新整合，形成了几个强大的军团。章邯军团负责中原地区的战事，凭借其出色的指挥才能和秦军的精锐力量，对陈胜、吴广等起义军主力发起了猛烈攻击。王离军团则从北方边境抽调部分兵力南下，与章邯军团相互配合，试图对起义军形成夹击之势。这种集中兵力的战略调整，旨在改变之前分散作战、处处被动的局面，提高秦军的作战效率和战斗力。
然而，这一战略调整也带来了一系列挑战。首先，防线收缩导致一些地区的防御空虚，起义军趁机在这些地区扩大势力范围。原本由秦军控制的一些郡县，因兵力被抽调而陷入起义军之手，使得起义军的活动空间进一步扩大。其次，军队的大规模调动需要耗费大量的人力、物力和时间。在调动过程中，后勤补给成为了一个巨大的难题。漫长的补给线容易受到起义军的袭击，粮草和武器装备不能及时送达前线，影响了秦军的作战行动。
此外，中央军队与地方军队之间的协调也出现了问题。由于长期以来中央与地方军队各自为政，在战略调整后，双方在配合上存在诸多不默契。地方军队对中央军队的战略意图理解不够深入，在作战中不能很好地协同作战，导致整体战斗力无法充分发挥。而且，中央军队的战略调整引发了一些地方势力的恐慌，他们担心自身的利益受到损害，对秦朝的忠诚度进一步下降。秦朝中央军队在战略调整过程中，虽然试图扭转局势，但面临的挑战重重，局势依然严峻。
随着起义的发展，起义军内部的权力结构经历了一系列复杂的演变。
在起义初期，各个起义军队伍相对独立，权力分散在不同的领袖手中。