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万历帝在位期间曾发动三次大规模战争，分别是万历朝鲜战争（对抗日本丰臣秀吉的侵朝）、播州杨应龙叛乱和蒙古土蛮的侵扰，合称为“万历三大征”——
1 万历朝鲜之战（1592–1598年）
这是一系列对抗日本丰臣秀吉入侵朝鲜半岛的战争。1592年，丰臣秀吉派遣大军侵略朝鲜，意图以此为跳板进犯中国。面对这一紧急情况，明朝派遣援军入朝作战，帮助朝鲜抵御日军。这场战争经历了两个主要阶段，第一阶段（1592-1593年）以明朝和朝鲜联军的初步胜利告终，迫使日军撤退；第二阶段（1597-1598年）则是由于丰臣秀吉再度增兵，战况再度胶着。直到丰臣秀吉去世，日军才最终撤出朝鲜。万历朝鲜之战不仅展示了明朝军队的强大战斗力，也维护了朝鲜的独立地位，但同时耗费了巨大的人力物力。
2 播州之役（1599-1600年）
又称为杨应龙叛乱。这次军事行动针对的是贵州南部播州地区的苗族首领杨应龙领导的叛乱。杨应龙自立为王，割据一方，对抗中央政权。万历帝命令川黔两地的明军联合讨伐，最终在1600年攻克杨应龙的老巢海龙囤，结束了这场历时一年多的地方叛乱，巩固了明朝在西南边疆的统治。
3 宁夏之役（1599-1600年）
虽然宁夏之役与播州之役几乎在同一时间段发生，但它主要是为了镇压蒙古土默特部落首领哱拜的反叛。哱拜原为明朝的边疆将领，后因不满明朝政策而起兵造反，占据宁夏城池。明朝调集陕西、延绥等地军队围攻，最终迫使哱拜投降，恢复了西北边疆的稳定。
这“三大征”虽然在军事上取得了胜利，彰显了明朝中央政府的力量，但也给国家财政带来了沉重负担，加剧了明朝后期的财政危机和社会矛盾，为明朝的衰败埋下了隐患。虽然这三次战役都取得了胜利，但也消耗了巨额的国库资金，加上连年的自然灾害，导致国库空虚，财政危机加深。
怠政与内阁失衡
万历中后期，神宗开始长时间不上朝，拒绝与大臣们商议国事，甚至二十余年未曾召见阁臣，这在历史上被称为“万历怠政”。这种态度导致内阁决策能力减弱，许多重要职位空