炮的打击下，损失惨重，其中郑芝龙的船只损失了十艘，其他部的战船损失了五艘。荷兰突袭厦门港取得了重大的成果。
但是在之后一个月的时间里，荷兰人凭借坚船利炮，游弋于东南沿海，遭到中国军队的阻击，也颇有损失，荷兰人第二次进犯厦门岛，这次早有准备的中国守军击沉数艘荷兰船只，并击毙十余名荷兰人，荷兰人仓惶而逃，中国守军出海追击两昼夜，但是追不上荷兰人，没有继续扩大战果。
荷兰人的这一次进犯，令福建巡抚邹维琏大为震怒，认为这\"岂独八闽一大患，且为中国一大耻！”邹维琏决心与荷兰人展开海上决战，他于八月中旬亲抵漳州，调集福建沿海的海军舰只，准备反击荷兰人，并亲自部署战斗计划，与郑芝龙等将领研究出一套对付荷兰人的战术，并委派郑芝龙的舰队为前锋部队，高应岳为左翼舰队指挥官，张永产为右翼舰队指挥官，王尚忠为游兵即机动舰队的指挥，刘应宠、邓枢指挥中军舰队。由于郑芝龙的舰只与实力最强，实际这次反击荷兰人的重任乃是落到郑芝龙身上。
在荷兰人偷袭厦门岛一役中，郑芝龙的舰船被击沉了十艘，荷兰人一而再地与郑芝龙对抗，令郑芝龙无比愤怒，即使没有邹维琏的命令，他也想要寻机报复。荷兰人有一个弱点，就是他们的舰队中，有不少中国人，有的作为翻译，有的作为向导，有的作为水手，这使得郑芝龙得以派出间谍潜入其中，掌握其舰队的动向与方位。九月一日，郑芝龙接到间谍发回的情报，荷兰舰队正停泊于澎湖岛一带，他马上派出将领林显忠率海军主力出海，进逼澎湖。郑芝龙的舰队上的武器装备很多都是西洋货，加上这次突袭的隐蔽性，澎湖一战，取得了令人振奋的结果，击毁一艘荷兰大型夹板船，荷军被杀死与淹死的人数达数百人，并俘虏一名荷兰将领与六名士兵。
吃了败仗之后的荷兰人向南撤退，与刘香的海盗军会合。九月十一日，两艘海盗船在海边停泊时，被中国守军发现，马上冲上去与登岸的海盗厮杀，海盗被杀死五人，其中一人是荷兰人，其余的人跳上船逃生。九月十六日，两艘荷兰战船出现在铜山以东的洋面，把总黄斌卿当即出动七艘战船、四艘火船出击，荷兰人见中国军队人多船多，不敢恋战，一面撤退，一面以大炮还击，中国海军冒死