清态度上极为坚决，他见潞王一心想投降，愤然离开杭州。郑鸿逵、黄道周等人在会晤唐王朱聿键后，见他\"慷慨以恢复为任”，便决心拥立朱聿键。
闰六月初六，在郑芝龙、郑鸿逵的支持下，朱聿键入福国，闰六月二十七日，朱聿键即位，史称隆武帝。隆武政权获得了两广、湖广、四川、云南、贵州等多数南明地方政权的承认，在弘光倒台后，联合抗击清军入侵，又一次露出了希望的曙光。隆武帝希望能借助郑芝龙强大的力量，联合各地的残余明军，收复南都，进而光复全国，可以说，隆武帝雄心勃勃。然而郑芝龙并不这样想，郑芝龙最关心的事，不是光复大业，而是如何保住自己的地盘，捞取更多的政治资本，他迎立隆武帝，还带有某种挟天子以令诸侯的目的。
郑芝龙没有失望。
很快，隆武帝封郑芝龙为\"平虏伯”，郑鸿逵为\"定西伯”，郑芝豹为\"澄济伯”，他的族侄郑彩为\"永胜伯”。过了不久，又封郑芝龙为\"平国公”，郑鸿逵为\"定国公”，到了八月，加封郑芝龙为\"太师”，不久后，郑鸿逵也加封太师，由是可见隆武帝对郑氏兄弟的倚赖。
郑芝龙此时达到其生涯的巅峰期，当一个国家走向支离破碎之时，郑芝龙似乎并没有受其影响，他也许象效法东汉末年的曹操，将一个垂死挣扎中的政权牢牢地掌控在自己手中，他拥有庞大的而且几乎是私人的武装，现在又登上南明政权的权力之巅，虽然这只是个残破的政权，郑芝龙企图凭借自己的实力，游走了各方势力之间，确保自己的地位与荣华富贵不受到动摇。
隆武帝虽然有中兴明室的宏伟志向，但他其实是一位光杆皇帝，无论是兵权还是财政，都操之于郑氏之手。隆武帝不得不向郑芝龙、郑鸿逵等人让步，并且尽量以小恩小惠拉拢郑氏兄弟。有一回，定国公郑鸿逵带着自己的儿子郑肇基去见隆武帝，隆武帝便赐给郑肇基\"朱\"姓，在古代社会，向臣下赐予皇家姓氏，这可是莫大的恩惠。这事让郑芝龙知道了，第二天，郑芝龙就带着郑成功去见隆武帝。
隆武帝一见郑成功，只见此人英气逼人，既有文人的儒雅，又有武夫的健壮，举止得体，不禁暗自喝彩，他端详郑成功片刻，问了他一个问题：“江山危矣，你何从我乎？”