数量也严重不足。父亲庞大的基业，并没有留下太多给儿子。
郑成功首要任务是扩充自己的军队，他先考虑招集父亲的旧部，福建最南部的南澳一直以来是郑芝龙的一个重要基地，郑成功离开安平，前往南澳，作为郑芝龙的长子，忠诚的陈豹对他的抗清事业起到至关重要的作用，他不仅表示愿意效忠郑成功，而且协助郑成功在当地招募兵员，共计有数千人，这成为郑成功的早期武装斗争的基本力量。
福建的郑氏残余力量之所以能获得喘息之机，是因为此时清军的主攻方向转向广东。隆武帝在长汀遇害后，1646年十月十日，桂王朱由榔被推立为监国，建立南明临时政权。然而南明内部的混乱局面又一次重演，十一月五日，隆武帝的弟弟唐王在广州被拥立为皇帝，史称绍武政权。两个南明政权不免又起内斗，争夺帝位，十一月十八日，桂王朱由榔也在肇庆登基，史称永历帝。此时清军已经攻占江西与福建，广东的政局危在旦夕，而两个南明政权却置外敌于不顾，爆发内战。郑芝龙的部将林察便是绍武政权的主要军事负责人，虽然林察指挥海军击败了永历政权的军队，但内战最终使葬送了绍武政权。
清军在佟养甲、李成栋的带领下，由福建突入广东，并于十二月中旬攻克广州，绍武帝被俘虏，绍武政权覆灭，而永历帝则逃到湖南，鹤蚌相争，最终清军成为得利者。
安平只是弹丸之地，郑成功的军队又以水师见长，在这里施展不开手脚，所以他耐心地等候着机会。在1647年的上半年，郑成功主要精力放在训练军队，补充战船，并游弋于鼓浪屿、海澄、镇海卫一带。在这些时间里，清朝方面仍然通过郑芝龙劝降郑成功，郑成功不为所动，并写下一首诗以明心志：“天以艰危付吾俦，一心一德赋同仇。最怜忠孝两难尽，每忆庭闱涕泗流。”郑成功自己加了一个注脚：“太师为满酋诱执，迫成功降。再四思量，终无两全之美。痛愤儿不欲生，惟有血战，直渡黄龙痛饮，或可迎归终养耳。屈节污身不为也。”由于清军大举入粤，在福建的防卫相对空虚，这给福建的南明抗清力量带来了机会。
此时福建的抗清力量有三大部分，其一是郑彩所拥护的鲁监国政权，在闽地抗清力量中实力最强；其二是以郑鸿逵、郑成功为主的原郑家军