历帝献给清廷。永历帝接到密报后，吓得魂不守舍，当时正值暴风雨，他不敢停留浔州，冲雨而过，逃往南宁。陈邦傅没有逮住永历帝，便杀死宣国公焦琏，然后向孔有德投降。
此时南明的旧政府军几乎丧失殆尽，除了杜永和退守琼州外，邓耀退往钦州龙门岛，陈奇策退往上下川岛，这些南明军事力量只是为荣誉而作战，根本无法扭转时局。
在永历小朝廷生死存亡的关头，曾经联明抗清多年的大顺军残部，终于永历帝向郑成功发出勤王令，但郑成功的军队远在千里之外，远水解不了近渴，所以他只得向云南、四川一带的原大西军求援了。
下面简单说说大西军与大顺军余部的活动情况。
先来看大顺军的情况。
1645年五月，李自成意外死于湖北通城九宫山，当时大顺军还拥有四十万之众，分为两支，一支以郝永忠为首，拥有十八营，三十万部众，与南明湖北巡抚堵胤锡达成协议，联明抗清，并且隆武帝赐名为\"忠贞营”。
此后，大顺军余部成为抗清的一支重要武装力量。
然而南明政府与旧臣对这支李自成的起义军怀有敌视之心，非但不能以诚相与，反倒处处掣肘，挑拔大顺军内部的争斗。
而在大顺军内部，由于缺乏强有力的领导，内部将领之间也矛盾重重，所以始终无法凝聚为一支强大的军队。
南明昏庸臣僚对大顺军的压制与不信任，最后使得大顺军余部与南明政府的矛盾越来越深，到了无法调和的地步。
在1648年，由于与南明官僚矛盾的激化，郝永忠的大顺军脱离南明，北上荆襄山区；同时李赤心、高必正的忠贞营也由于南明官僚的打压排挤，最终在导致在湖南收复的失地又悉数丢失，李赤心、高必正从湖南退回广西。
在1649年底，李赤心病逝后，在高必正与李来亨的领导下，忠贞营仍然坚持抗清，永历小朝廷虽然摇摇欲坠，内部的派系倾轧却丝毫不减，在广州、桂林失陷后，高必正、李来亨见这个小朝廷府朽到无以复加的地步，率忠贞营经贵州抵四川巴东的西山屯，与郝永忠、刘体纯等大顺军余部会合，继续抗清斗争。
相比之下，大西军在其首领张献忠被清军袭杀后，仍然维持