俊见势不妙，赶紧下令撤退，保护其剩余的马匹与辎重，落荒而逃。
磁灶一战，是郑成功在厦门失守、战略储备被夺、施郎逃亡等一系列不利于郑军的背景下取得的一次大胜，无疑大大地提升士气，对东南抗清力量也是一个极大的鼓舞。
厦门岛成为一个光辉的抗清根据地，而郑成功无疑成为东南抗清的一面旗帜。对留着猪尾巴似的大辫子深恶痛绝的人民，看到光复汉室的曙光。
这场胜利，使得前来投奔的抗清志士人数激增，郑成功将军队数量大大扩编。
郑成功的军队编制以镇为主，主要有左先锋镇、右先锋镇、援剿左镇、援剿右镇、援剿前镇、援剿后镇、前冲镇、左冲镇、右冲镇、中冲镇、亲丁镇、戎旗镇等，在磁灶战役后，又扩编了五个镇：中权镇、北镇、护卫左镇、护卫右镇、后劲镇。
前来投奔郑成功的郑军旧将黄兴被任命为新组建的中权镇的将领，另一位慕名而来的郑军旧将黄梧则被任命为中权镇的副将。
任命精通骑射的陈六御为组建北镇，北镇主要是骑兵队，以北方来的士兵为主力组成而成，与清军相比，郑军在海上的力量要强大得多，但是在陆上却居于劣势，主要是由于缺乏战马，难以组建一支有强大战斗力的骑兵。即便如此，郑成功还有充分利用现有不多的马匹，加强骑兵的组建。
郑成功的杰出表现，也令郑鸿逵倍感欣慰，他决心逐渐淡出郑氏集团的领导层，同时也消除私自在厦门岛放走清军而引起郑成功的不信任，便将手下三员将领以及一部分兵力移交给郑成功。这三位将领分别是沈明、沈奇与陈魁，郑成功便组建了护卫左镇、护卫右镇以及后劲镇。郑成功在潮阳收降陈斌后，曾组建过后劲镇，但是后来陈斌被施郎逼走，继而在守卫潮阳时，因不敌清军而投降清军。
除了新增五个镇之外，郑成功还组建十个独立营。
十个新组建的营分别是：礼武营、信武营、智武营、仁武营、义武营、英兵营、游兵营、奇兵营、殿兵营、正兵营。
同时组建一个新局署，负责督造武器，特别是制造能有效对付清军骑兵的藤牌，以及战被、火筒、火罐等。战被又称为滚被，其实是一大棉被，厚二寸，可以抵挡对方的箭矢，一旦敌军放箭