率队泊于湄州岛时，海上刮起强劲的飓风，郑军水师被迫返航，但是作为这次行动总指挥的林察，他的船只却在飓风中迷失，最后漂入兴化港，被清军逮了个正着，直到后来郑、清谈判时，林察才被释放。
郑军这次出击尽管遇到意外，但还是让清军见识了郑军的实力，刘清泰慑于郑成功海军的强大，最后放弃从海上合击海澄的计划，这样，清军的进攻任务，就落到金砺的陆军上。
四月十八日，清军调集两万名民夫，抬运攻城器具，其中包括数百门火炮与大量的炮弹。仅攻城器具就需要动用两万名民夫，可见清军在攻城武器的装备上，要远远超过郑军。此时清军已经集中了数万人马，向海澄方向行军，一路车辚马啸，尘埃远望。二十八日，清军抵达海澄城外祖山头。
金砺信心十足，因为他携带来大量威力惊人的大火炮，这一仗，他志在必得。
在得知清军兵临城外的消息后，郑成功于五月一日率大部队由厦门岛进驻海澄，并马下着令正中军张英催督守城民夫大量制造守城器具。
在防御安排上，由北镇、义武营、仁武营、智武营防守内城；援剿左镇负责防御南门外桥头，左先锋镇防守东门外岳庙前，护卫左镇守卫中权关，正兵镇守土城，奇兵镇守九都；前锋镇、戎旗镇、护卫前镇守镇远寨，前冲镇守镇远寨外，前提督黄廷、中提督甘辉守关帝庙前的木栅，郑成功亲自坐镇妈宫督战。
在布置完毕后，郑成功又命令杨权、蔡新率一部分水师向清军侧翼发起进攻，想给清军一个下马威，然而这回清军让郑军见识了火炮的威力，在清军火炮的打击下，郑军出击的水师遭到很大伤亡，杨权被清军炮弹击中，当即身亡。
五月四日，金砺率骑、步兵数万人进抵离妈宫郑军营地仅有半里之地，当天晚上，清军架设火炮，数百门大小火炮向郑军营地猛轰。海澄保卫战的外围战打响了。
清军为这次战役确实做足了充分的准备，不仅大炮的数量多，而且炮弹也不缺乏，完全压制住郑军的火力。从四日夜到五日中午，实际连续十二个小时不间断的轰炸，郑军所筑垒的砂石防御工事以及木栅大多被清军的炮火所摧毁，官兵被击伤而死的人很多。清军压倒性的火力优势，令郑军将士十分气馁，诸位将领