制，使郑成功得以从繁琐的事务中抽身，将更多的精力投入到军事上。
军队的战斗力是靠严格的训练得来的，郑成功在军事训练极其重视，甚至近于严苛。当时他住在思明在操练场上筑起演武楼台，以便随时可以驻宿于此。
郑成功的勤奋是难以令人置信的，他精力充沛，充满活力，不知疲倦。在士兵浑汗如雨地操练时，他一刻也未停歇，亲自下操练上指导军事训练。每位士兵无不调动起百分之百的注意力，以免引起这位严厉的统帅的挑剔。为了提高训练水平，郑成功惮精竭力，他发现现在所沿用的训练阵法已显得落伍，便花大力气调整，总结出一套五梅花操法，先以其中的一镇士兵来演练，他每日亲临督阵指导，开始时士兵们尚不能适应新的训练法，但半个月后，这支军队就可经可以非常熟练了演排新的阵法。于是郑成功将五梅花阵法向全军推广。此外，他还改进了水师水操法，并且刻印成小册子，以让所有的水师官兵能熟记于心。
这年四月，永历帝派遣周金汤、刘国柱携带敕印，封郑成功为\"延平王”。这也是第二度封赐，去年郑成功谢绝了\"延平王\"的封号，这一次他没有再拒绝，自从以后，“延平王\"与\"国姓爷\"一样，成为郑成功的代名词。除了郑成功之外，忠振伯洪旭加封为少师，甘辉被封为\"崇明伯”，王秀奇为\"庆都伯”，赫文兴为\"祥符伯”，万礼为\"建安伯”，黄廷为\"永安伯”，在海澄保卫战中有出色表现的冯举人被提拔为监军御史。
由于爵位的变更，赫文兴被升任为左提督，万礼被升任为后提督，王秀奇升任右提督。
郑成功的军队以镇为单位，每镇的兵力大约在二千人左右，兵力最盛时水师、陆师合计达到七十二个镇，总兵力约为十五万左右。戎旗镇是郑成功的近卫军，战斗力最强。戎旗镇的指挥官原本是王秀奇，由于王秀奇升任右提督，改由击破仙游城的援剿左镇林胜担任戎旗镇指挥官。郑成功下令在各镇中挑选最精锐的官兵，拔入戎旗镇。戎旗镇的编制为五个协，每协五正领，十副领，每位副领辖五十人，所以一协共有五百人，除了五协之外，还配备一个神机营，也就是火器营，戎旗镇总计有约有三千人。南征军返厦后，由于水师右军的指挥官周瑞被免职，由洪旭