陈斌，当年由于与施郎不和，便率军出走，并给郑成功留一封信解释原因，现在又重新前来投奔。郑成功很高兴，将刚刚处死指挥官蔡飞的护卫前镇交给陈斌这员悍将。
同时，郑成功强化了军队中的监军机制。设监督、监营、督阵官等，随同各镇出征战剿，监军手持一面铁竿红旗，上面写有几个字：“军前不用命者斩，临阵退缩者斩，副将以下先斩后报。”
为了防止这些监督权力过大，再设总理监营，以管理大大小小的监督。以督运都督翁天祐为总理监营，郑德、陈勋二人为左右协理监营。
这种监督制度，是郑成功对武将的一种管理手段，监营是监管营一级的，而监督是监管镇一级。一般来说，监督只能监管到副将以下，但是后来郑成功又在军队中安插监纪，以监管镇一级的高级军官。这种监督制度，也引起了郑军一些将领的极大不满，比如后冲镇的周全斌，这是一位很富有战略眼光的将领，他曾经以非常不满的语气给郑成功写了一封密信：“监督监营久在行阵，至于监纪，或初拔士子，或裘绔公子，能识军中功罪为何物，而可令其临纪统镇提督耶？”
周全斌这封信，可以看出，监督与监营实际上都是属于军队常备人员，而监纪则不是，这些充当监纪的人多是文官。以往郑军力量还比较弱小时，郑成功往往都是亲自指挥作战，所以并不需要监纪，而现在军队规模庞大，郑军将领出征时手握重兵，所以郑成功要预防将领的不忠诚与叛变，以监纪随军出征，并不是让这些人去指挥打战，而是密切监视将领的一举一动，并向郑成功汇报。
但是面对将领们的抱怨，郑成功也必须得小心谨慎，所以当周全斌提出质疑后，郑成功也提心监纪与将领日后不和，导致严重后果，所以他在监纪人选上，也比较注重选择一些有责任心并且品格较优的人。
此时，清军已经准备开始对郑成功发动进攻，大批的清军源源不断地调往福建，清世子、郑亲王济尔哈朗的二儿子济度被任命为定远大将军，率师南下。
鉴于清军大举南下，而且在兴化、泉州、漳州的粮饷也征收得差不多，郑成功决定避其锋芒，放弃从福州经兴化到泉州、漳州的大片地区，同时命令在放弃这些地方时，所有的城池的城墙全部拆毁，这样做的