阳，调查西关战役失利的原因，把苏茂的左先锋镇、黄梧的前冲镇与杜辉的护卫左镇全部调回厦门思明州。由于大大削减揭阳的守军力量，郑成功下令放弃揭阳，由黄廷率其余各镇从海路南下，试图与西南永历政权取得联系。
黄廷舰队一路南下，直到盐州、海州、大星所，夺取清乌尾船百余只，但是未能与西南抗清力量取得联系。
郑成功开始清算西关战役中将领的责任，他的严厉令人胆战心惊，苏茂以\"慢师轻敌、致失兵丧将\"的罪名被判处死刑，同时，黄梧、杜辉以\"应援退却\"的罪名，也被判死刑。黄梧与杜辉不服，抗辩道：“苏茂欺敌轻阵，以致败亡，非我等罪。”由于郑军中两名镇将已经在西关战役中战死，如果再处决三名高级将领，将大大影响郑军的指挥系统，所以诸将纷纷求情，最后郑成功饶恕了杜辉与黄梧，责令他们两人戴罪立功，而苏茂则被斩首。
苏茂自接任施郎的左先锋镇指挥官以来，在诸多战役中表现杰出，虽然轻敌致败，但其主动出击的斗志也是应该肯定的。郑成功之所以杀苏茂，大约是与当年苏茂放走施郎有关，这些年来，苏茂尽管战功不少，但他的职位一直是左先锋镇指挥官，而当年与他同级别的将领，象黄廷已经是他的顶头上司，万礼当年军职低于苏茂，现在位居苏茂之上。所以苏茂估计心里不平衡，故而急着想要抢立头功，但头功没立到，反倒丢了一颗脑袋。
郑成功治军的冷酷与严厉，埋下的后患无穷。
杀了苏茂后，后冲镇指挥官周全斌接管左先锋镇，木武营营官华栋接管后冲镇。郑成功派华栋的后冲镇与黄梧的前冲镇驻守海澄，为海澄的丢失埋下了伏笔。
清军统帅达度在劝降郑成功失败后，在各地征调船只，准备兵分两路，进攻郑成功。一路以泉州守将韩尚亮率拼凑起来的水师船只，进犯厦门思明州；另一路则由达度自己统领陆军，进屯郑氏老家石井，准备进攻白沙城。
为了抗击清军的入侵，郑成功再次下令将思明与白沙的平民以及将士的家眷转移到海上诸岛上，然后调遣水陆官兵，布阵以待。
清军海军总指挥韩尚亮制订了三路出击的计划：一路进犯白沙，一路进犯金门、浯州，另一路进犯厦门思明。