粤东的海盗头目苏利、许龙都是郑军的老对手，而且都投降了清军，分别被授予碣石总兵、南洋总兵之衔，这两支海盗军虽然多次遭到郑军的打击，但在清军的支持下，始终未被歼灭，而且善于水战，是郑军的强劲对手。周全斌分析道：“碣石之苏利、南洋之許龙，虽然阳奉，亦恋栈之马耳，岂敢离其巢穴？若漳、泉之师，分头敌之，必可破也。”周全斌的分析得到郑成功的认同，他传檄给驻守南澳岛的忠勇侯陈霸，命令他准备船只，预防许龙、苏利的入侵，同时命令驻守铜山岛的忠匡伯张进，派出炮舰游弋于海面，以作为南澳岛陈霸的援军。
清军一方面积极备战，一方面准备暗杀郑成功。
福建总督李率泰策划了一个暗杀郑成功的绝密计划。李率泰麾下有一名旗牌官，名叫张应熊，张应熊有个弟弟叫张德，是郑成功的厨子，李率泰密令张应熊携带一枚剧毒的孔雀胆潜入厦门岛。张应熊找到张德后，将孔雀胆交给弟弟，让他找机会毒死郑成功，并向他许诺，办成这事后，荣华富贵，享之不尽。张德听了呯然心动，他是负责给郑成功制作点心，想到富贵唾手可得，他动了心，可是张德这个人胆小，不敢亲自去做这件事，怎么办呢？张德有个学徒，叫王四，这个人也比较贪财，所以他就游说王四，王四听得有利可图，便答应下来。可是这件事并不是那么容易下手的，因为每当郑成功的侍者前来取点心时，王四想乘机下药，但是每次他的手都在发抖，浑身寒战，最终还是不敢下毒。连续几次之后，张德又来逼问王四，王四内心非常恐惧，怎么办呢？他想来想去，决定回家将这件事告诉父亲王耀，王耀得悉此事后大为惊恐，他马上带着王四去见郑成功，将整个事情和盘托出。郑成功体现出应有的大度，他淡淡地说：“吾乃天生，岂人能害？”下令嘉奖王耀父子，然后下令立即逮捕张德归案，将其乱箭射死。
李率泰的暗杀计划，遭到彻底的失败，他叹道：“谋事在人，成事在天。果不虚也。”
四月的厦门岛，战争阴云密布。
郑成功于四月初，下令将将士的家眷转移到金门岛，以便集中全力击败清军的进犯，同时起用被闲置多时的海军名将林察。林察由于当年率水师南下与李定国会师广东，延误战机而遭到冷遇，但是在郑军海军将领