确认林风为间谍后，元始真人深知此事的严重性。若不尽快展开肃清行动，更多的间谍可能还潜伏在各门派、组织之中，仙侠世界的防御计划和重要情报都将面临泄露的风险，后果不堪设想。
于是，元始真人立刻联合各大门派掌门，启动了全面的肃清行动。行动伊始，各门派便紧闭山门，对门派内的每一位弟子进行详细的排查。排查过程极为严格，不仅要检查弟子身上是否带有黑暗力量的气息，还要对他们近期的言行举止、人际交往进行深入调查。
在玄剑门，掌门亲自坐镇，带领数位长老对门下数百名弟子逐一进行灵力检测。一旦发现有灵力波动异常或者带有黑暗力量痕迹的弟子，便会被单独隔离，进行进一步的审查。有一位名叫赵虎的弟子，在检测时灵力突然出现一阵紊乱，且身上隐隐散发出一丝若有若无的黑暗气息。这一异常情况立刻引起了长老们的注意，赵虎随即便被带走调查。经过一番仔细询问和法术探查，发现他是在一次外出历练时，不小心沾染了黑暗力量，虽尚未被完全控制，但已处于危险边缘。玄剑门的长老们立刻施展净化法术，帮助赵虎清除了体内的黑暗气息，并对他进行了一番严厉的告诫。
除了对弟子的排查，各门派还加强了对门派内各处重要场所的监控，如藏经阁、法宝库、灵矿等地，防止间谍窃取重要物品或破坏防御设施。同时，仙侠世界还组织了一批擅长追踪和侦查的高手，对之前与林风有过接触的可疑人员展开追捕。他们顺着林风提供的线索，一路追踪，陆续揪出了几个潜藏在其他门派的黑暗间谍。
在肃清行动的过程中，元始真人意识到，仅仅排查和抓捕间谍还远远不够，更重要的是要加强对仙侠世界所有成员的思想引导，提升他们对黑暗力量诱惑的抵抗力。于是，各门派纷纷组织起思想教育课程，由门派中的德高望重之人向弟子们讲述黑暗力量的危害，以及坚守本心、抵御诱惑的重要性。
在清月派，一位白发苍苍的长老语重心长地对弟子们说道：“黑暗力量犹如毒蛇猛兽，它会悄无声息地侵蚀我们的心智，让我们沦为它的傀儡。我们身为仙侠，肩负着守护世间和平的重任，必须时刻保持清醒的头脑，坚定自己的信念，绝不能被黑暗力量所诱惑。”弟子们纷纷点头，眼神中透露出坚定的决