「胡狼」主导，还是用人工干预激活圣痕的老办法，对天穹市人口使用大剂量崩坏能和试剂，想让人类觉醒圣痕，却被天命组织和琪亚娜联手破坏。与此同时，干部「羽兔」推行另一版计划，利用自己的「捕梦」能力，让「旧人类」以梦境形式相连，最终成为「新人类」的圣痕，这会导致现实与虚幻对调，普通人消失后，世界蛇改造世界，让崩坏能在人类体内自由流转，杜绝律者诞生，人类梦境聚集成「精神的亚当」。计划终点是具现化的圣痕取代人类，人类意识融入梦境，和过去的圣痕空间融合，圣痕思想化为实体降临现实 。
圣痕计划还打算在地球与月球间构筑拟似时间晶体，圣痕空间能和梦境相连，因为「梦」是崩坏的思考方式，梦境混乱创造现实之外的空间，为「捕梦」提供可能。即便有人无法让自身与圣痕力量合一，也能交换实体与梦境，让圣痕代替自己成为文明基石。最终地球会被圣痕空间置换，文明开启新征程，这个过程从虚数一侧的最初圣痕空间和现实一侧的月球同时开始。「圣痕计划」本质是抛弃被律者诅咒的人类，用新基石重新定义文明。
当圣痕计划进入关键阶段，德丽莎因月球轨道附近巡航，被卷入梦境，凭借体内融合崩坏兽因子「毗湿奴」的特性，接连吞噬梦境，来到卡斯兰娜家族的「圣痕空间」，发现破坏圣痕计划的方法：摧毁月球端点或让德丽莎吞噬圣痕空间。
在月球的「新亚特拉」遗迹，希儿、李素裳和幽兰黛尔三位觉醒圣痕的女武神相遇，从世界蛇信徒口中得知圣痕计划后，开启探索。途中碰到失去希望的胡狼，她解释圣痕计划依赖前文明科技和「羽兔」这个既是圣痕又是人类的特殊存在。之后三人遇到无法通过的桥梁，幽兰黛尔用「格尼乌斯」发现空间不稳定，借助「须弥芥子」连通量子之海，联系上薛定谔，得知天命和逆熵总部暂未受影响，还能寻找有人类活动的世界泡回地球。
探索中，希儿接触到前文明梅等人的影像，梅曾猜想世界是循环的，崩坏反复毁灭人类文明，而17号确认月球遗迹来自二十万年前，早于逐火之蛾；影像还揭示帕朵为打开终焉与虚数连通的门扉，牺牲自己让17号入侵成为崩坏意志。同时，圣痕计划扰乱空间，诞生了构造特殊的爱酱，她帮助希儿等人找到关联最深的世