经过数日的长途跋涉，狄仁杰一行终于抵达西域都护府。都护府的官员早已等候多时，向狄仁杰详细汇报了近期西域的局势。狄仁杰听完后，决定先从调查神秘黑旗入手，揭开这场阴谋的面纱。
在当地向导的带领下，狄仁杰等人深入沙漠，寻找黑旗的踪迹。经过一番艰难的搜寻，他们终于在一片沙漠绿洲附近发现了一面黑色旗帜。狄仁杰仔细观察旗帜上的符号，凭借着他渊博的学识和丰富的经验，认出这是一种古老的西域文字，翻译过来的意思是“黑暗之神的降临”。
这个发现让狄仁杰心中一惊，他意识到，这背后可能隐藏着一个神秘的宗教组织，企图利用迷信和恐怖手段，煽动西域各国对抗武周。为了进一步查明真相，狄仁杰决定在绿洲附近设伏，等待神秘组织的成员出现。
深夜，万籁俱寂，只有沙漠中的风声呼啸而过。突然，远处传来一阵轻微的脚步声，狄仁杰等人立刻警惕起来。只见一群身着黑袍的人，手持黑色旗帜，朝着绿洲走来。他们步伐整齐，神情肃穆，仿佛在进行一场神秘的仪式。
狄仁杰等人悄悄地靠近，待看清这些人的面容后，发现他们竟是来自不同西域国家的人。这些人聚集在绿洲中央，开始念念有词，举行着一场诡异的祭祀仪式。狄仁杰心中一动，意识到这些人很可能就是西域各国暗中勾结的关键人物。
就在这时，李元芳按捺不住，想要冲出去将这些人一网打尽。狄仁杰连忙拦住他，低声说道：“元芳，不可冲动。这些人背后的势力深不可测，我们要先摸清他们的底细，再做打算。”
众人继续潜伏在暗处观察，只见祭祀仪式结束后，这些黑袍人开始商议着什么。通过他们的对话，狄仁杰得知，原来这些人都是一个名为“暗影教”的神秘组织成员。这个组织企图推翻武周在西域的统治，建立一个由他们掌控的“黑暗王国”。他们利用西域各国对武周的不满情绪，煽动各国联合起来，共同对抗武周。同时，他们还与突厥残余势力勾结，企图借助突厥的力量，实现自己的野心。
狄仁杰得知阴谋全貌后，决定先从内部瓦解“暗影教”。他利用自己在西域的威望和人脉，暗中联系了一些对“暗影教”不满的西域部落首领，向他们揭露了“暗影教”的阴谋。这些首领