两天后，准备攻打南昌的卢少川部也接到命令，随即便放弃攻打南昌，转道向北而去。这让总督江西军政的张煌言大大的松了一口气。因为，自打长沙城下与光复军第一次接战后，这近一个月来且战且退，就没有赢过一场。而且北面的九江也被光复军占领，因此已经对南昌形成包夹之势，可现在不但正面的敌军撤了，就连九江的敌军也撤了。这让张煌言着实有些没想到，于是他赶紧调集军队准备反攻。
与此同时，第四军团秦翼民的第十一军在北上后，随即攻克了赣州，然后留下一个团的守军便向吉安方向而去。而时任赣州总兵的闫应元见光复军的火力凶猛，便放弃了赣州。将自己的军队分布在山里，待敌军向吉安而去后，他便带着自己的大军又杀回了赣州，然后趁着夜色对赣州发动了突袭。面对闫应元的三万大军，赣州留守的一个团根本不是对手。外加这一路以来，大部分对手都是望风而降，一般留守部队都是清闲差事，所以光复军的戒备也没那么强。因此，两个时辰赣州便被闫应元给夺了回去。由于赣州丢失，第十一军的补给线瞬间被切断。而黄德功此时已带着第十军和第十二军已到达了福州，准备进攻浙南地区，根本没有兵力帮秦翼民夺回补给线。无奈之下，他不得不派出一个师去夺回赣州，而自己则继续攻打吉安。得知光复军又杀回来了，闫应元随即派出两万多人，仗着对地形的熟悉，在敌军的必经之路上到处伏击。由于江西多山，可伏击的地方很多，而且在山区，光复军火器的射程优势根本就体现不出来。很多时候开火距离都在五十米内，在这个距离上，光复军的新式步枪也好，鸟铳也好，三眼铳也好，还是弓箭也好，其命中率和杀伤力都很高。这让回援的光复军付出了惨重的代价，一路死伤无数，苦不堪言。当他们到达赣州后，一个整编师就剩下八千多人了。除了部分迫击炮外，榴弹炮和加农炮都丢在了山里。这让接下来的攻城战极为艰难，因为迫击炮的射程没城墙上的有红夷大炮远。在付出了两千多人伤亡后，赣州再次被拿下。而闫应元则将光复军的榴弹炮推上了山，在俘虏的教导下开始对赣州城里的光复军实施炮击，这让城中的光复完全没有招架之力。然而，只要光复军出城去打他们，他们就消失的无影无踪。可等你一回城，又开始对你进行炮击。即使已经拿下了