滨海市港口的警报声撕裂了阴沉的天空，秦明和林涛在狂风暴雨中冲进集装箱仓库。刺鼻的腐臭味扑面而来，三十七具尸体呈环形摆放，手腕上的伤口渗出黑色黏液，形成诡异的齿轮状纹路。
“死亡时间不超过24小时，”秦明蹲下身子，手电筒的光束扫过死者的面部，“但尸体的腐败程度远远超出正常速度，像是被某种化学物质加速了。”他注意到每具尸体的瞳孔里都残留着荧光物质，在紫外线照射下显形为微型齿轮图案。
林当抱着现场勘查报告匆匆赶来：“这些尸体的身份已经确认，都是近三年失踪的海洋生物学博士。他们最后出现的地点，都和周明山生前投资的海洋研究所有关。”她调出平板电脑上的地图，三十七个红点在地图上形成一个巨大的齿轮形状，而中心位置，正是秦明现在任职的法医中心。
解剖室的无影灯亮起，秦明的手术刀划开死者的胸腔，一股带着海腥味的黑色液体喷涌而出。“这不是普通的血液，”他将样本放入试管，液体在试管中自动聚合成齿轮状，“是经过基因改造的生物酶，和沉箱案中周明山的实验记录高度吻合。”
深夜的法医中心，秦明盯着显微镜下的细胞样本，突然感到一阵眩晕。他的鼻腔里充斥着混凝土的味道，视网膜上闪过海底舱室的画面：周明山的克隆体正在将某种黑色物质注入巨大的齿轮装置，而齿轮的中心，是一个和自己一模一样的人形模具。
“秦明！”林当的呼喊将他拉回现实。她举着刚收到的匿名快递，里面是一个齿轮状的金属盒，盒内放着一张泛黄的照片——年轻的秦明站在周明山的实验室里，而自己完全没有这段记忆。照片背面用血写着：“第38个齿轮，即将启动。”
与此同时，滨海市所有的电子屏幕突然被黑入，周明山的全息投影出现在每一块屏幕上：“秦明法医，还记得你体内的纳米混凝土吗？它就是打开深渊之门的钥匙。当第38个齿轮转动，整个滨海市都将成为我的沉箱。”
林涛的电话在此时响起，声音带着焦虑：“海事局发现周明山的旧游艇在公海航行，船上装载着三十七具冷冻舱，每个舱内都有一个正在生长的克隆体，而他们的基因模板……”他顿了顿，“都是你。”
秦明握紧陈立留