被驻守在当地的西班牙人所发现，迅速的报告给了米岸（vigan）的军官撒施洛（juansalceds）。
撒施洛立刻派三个土著前往马尼拉示警。但是土人中途被林凤的手下截获了。林凤于是就趁机进攻米岸，撒施洛带领西班牙驻军五十人逃跑。林凤趁胜追击，前往马尼拉。
万历二年十一月二十九，林凤的水师到达了马尼拉的港口马雷维里斯（ariveles）。黄昏时林凤命部将庄公带领六百人乘小船前往进攻马尼拉，中途遇到了暴风雨，有二百多人由于小船倾覆溺水而死。但是其余的人仍旧在庄公的带领下潜至马尼拉南八哩的巴拉维克（paranae）登陆，并于第二天凌晨到达马尼拉。
当时西班牙军官戈依第（artdegoiti）驻防城外，仓促间没有准备，庄公很快就将其击败，夺了他的地盘，戈依第本人也临阵战死。城里的守军就乘此机会加强了守备，等到庄公进攻时，他们开始拼命抵抗。
而庄公的兵力本来在进军途中遭遇暴风雨已经折损了二百多人，所以仓促间并不能够攻下城垣。于是庄公就退至甲米（cavite）和林凤汇合。
同时另一方面，西班牙人的总督拉维萨丽思（vezaris）一等庄公退兵，就立刻沿马尼拉湾筑起高墙，置兵防守。撒施洛也率领战舰六艘、兵员数百名而来助战。
林凤第一次进攻完成以后，菲律宾的土著以为是明人取得了胜利，迅速在马尼拉附近集结了近万人，开始对西班牙人有所动作。
十二月十三，林凤发动了第二次进攻，他命令庄公率领一千五百人，兵分三路发起进攻，林凤自己的战舰也在港外发炮助攻。
但是由于西班牙人加强了城垣和增添了援兵，急切之间没有拿下。林凤又发五百援兵，但是终是无功而退。
在林凤的军队攻打马尼拉时候，菲律宾的土著击杀传教士以及商人兵士等，准备策应林凤的海盗军，但是在林凤失败后迅速溃散。
林凤的海盗军失败后就引军北航，从阿峨河（angor）退至彭家丝兰（pangasan），于河上四哩的地方因地筑城，建设炮台作为长久之计。并且下令当地土酋助饷——很有天朝圣使的气派。
西班