弼也猜到高务实会用他继续做西域巡按御史，因此他在奏疏末尾的说法也和王庭撰几乎一样。
三道奏疏摆在高务实面前，他沉吟片刻，心中已有定夺。他知道，西域的战事虽然取得了阶段性的胜利，但真正的挑战在于如何稳固这片新收复的土地，使其真正融入大明的版图。
西域毕竟已经丢了六百多年，当地汉人根本找不到几个，只有行商之中还有一些，因此要想稳固下来确实有很多工作要做。
高务实决定，首先回复刘綎，指示其继续完成对叶尔羌等地的收复，然后在确保叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏、和阗、哈密等关键地区稳固的前提下，暂时停止追击，转为防守态势，以便集中精力巩固已有的成果，并为后续的政治和经济重建打下坚实基础。
但于此同时，他也要求刘綎密切监视察哈尔、哈萨克乃至布哈拉等势力的动向，做好随时应对可能发生的变故的准备。
或者，一旦发现察哈尔部在安集延立足不稳，亦或者察哈尔部在攻下安集延之后又继续对布哈拉其他地区发起了进攻，那么也允许刘綎拥有高度自由的用兵权力，可以在战机转瞬即逝、来不及请求朝廷的情况下主动发起进攻，争取拿下费尔干纳盆地。
当然，对于伊犁第一军的建立，刘綎作为征西提督也有他该做的事……总之，刘綎的差事并没有因为西域之战基本结束而结束，反而变得更加复杂繁重起来。
对于王庭撰的奏疏，高务实认为其提出的策略全面且切实可行，只不过王庭撰这奏疏说得比较宏大，还不够细致。高务实于是将这些建议整理成详细的方案，准备提交给皇帝圣裁。对于王庭撰特别强调设立西域都护府的重要性，以及在尊重当地习俗的基础上推行汉文化的必要性，高务实也表示了肯定。
实际上关于西域收复之后要如何建制的问题，高务实之前就和皇帝有过讨论，设立都护府算是其中一种设想。如今既然王庭撰和熊廷弼都认为设立都护府比较合理，高务实也就采纳雅言了。
至于熊廷弼的建议，高务实也认为监察机构的建设至
关重要，他同意在西域都护府内设立察院，并赋予其必要的权限，以确保都护府的各项政策得到有效执行。
不过与此同时，他知