后，继承明制，清廷亦设临清钞关。
可以说自临清钞关设立以来，它为明清两朝的税收作出了巨大贡献。明朝中前期年收税银四万多两，到万历年间达到八万三千多两，比京师崇文门税收数量还高，位居全国八大钞关之首，占当时全国漕运税收总量的四分之一。
鞑清前期，临清虽不及明时繁华，但仍为清廷一处税源重地。如乾隆年间，除原有钞关外，又以查收“一切绕道货税”为由，在临清增设四处关卡。据《临清县志》记载：“临清钞关……其时所解款数，多或六、七万，少或二、三万，其余浮收均归中饱矣。故时有‘够不够，六万六’之谣。”
每年漕运时期，临清就呈现出“帆樯如林，百货山积”的壮观场面。明时，李东阳曾在《过鳌头矶》一诗中形象的描绘了临清的繁荣景象：“十里人家两岸分，层楼高栋入青云。官船贾舶纷纷过，击鼓鸣锣处处闻。折岸惊流此地回，涛声日夜响春雷。城中烟火千家集，江上帆樯万斛来。”
临清依赖运河与富商巨贾的贸易转运作用，与全国各地保持着密切的经济联系。鉴于其贸易转运中心的地位，市场上聚集了来自国内各地的货物。
临清市场上流通和转销的商品大多是生活日用品，转销以粮食、绸缎、棉布为大宗，外销则主要有棉花、梨枣、丝织品、羊皮及毡绒等。其中，粮米、布帛多来自济宁，绸缎多来自苏杭地区，茶多来自江南各省，铁锅来自无锡、广东，瓷器则多来自江西。
明弘治年间，临清的商业已然名闻天下。朝鲜使臣崔溥在弘治年间由宁波经运河北上京师，路过临清，目睹了其繁盛景象。他曾在日记中写道：“临清在京师之冲，商贾辐辏之地。其城中及城外数十里间，楼台之密，市肆之盛，货财之富，船舶之集，虽不及苏杭，亦甲于山东，名于天下矣。”
嘉靖时期，临清已成为山东首屈一指的大城市了。到了万历年间则更胜，临清“北起塔湾，南至头闸，绵亘数十里，市肆栉比，有肩摩毂击之势”。据同时期曾任户部尚书的赵世卿记述，临清城有“缎店三十二座”，“布店七十三座”，“杂货店六十五家”。可以说当时的临清已是商贾云集，一派兴盛景象。
原历史中已然如此，而这一世的临清则托高务实实学改