英雄”亨利的壮烈牺牲。然而此时核弹已经发射，眼看就要来不及逃离，不料虫族女王再次操控飞船，一轮舰炮齐射击毁了来袭核弹。
好在“英雄”亨利生前已命人在飞船引擎上安放了c4炸弹，最后众人在飞船炸毁前逃出了火海，再一次有惊无险地解除了危机。虫族女王和她的虫群在飞船爆炸中全灭，只可惜还是有一只虫子逃进了下水道。
2369年，人类联邦舰队再次抵达虫族母星克兰达夫，重抵p星，收复威士忌前哨站。
2371年，联邦开发出了对付虫族最新的武器：新星炸弹。
此时，人类已经在火星殖民了数十年，并成功通过大气改造让火星拥有了大气层，也几乎没有遭遇过虫族的侵扰。火星上的人类自称火星人，对人虫大战无感，甚至想要脱离联邦独立建国。然而真实状况是，火星早已被虫族陨石撞击，深藏撞击坑地底，不断繁殖一直“没被”联邦发现。
直到有一天，无数虫群忽然钻出地表，袭击火星城市。火星人被打得措手不及，整个星球成为了虫族的孵化器和屠宰场。最年轻的天空元帅艾米·斯纳普（aysnapp），世界上最聪明的女人，其实早就知道虫族陨石的存在，但是她隐瞒了真相，放任虫族在火星滋生，并在火星的大气改造站里藏了一枚q炸弹。她的真实目的，是通过摧毁火星，利用地球人对火星人日渐滋生的厌恶，和对虫族日渐积累的恐惧，在竞选中提高自己的支持率。
此时，瑞科就驻扎在火星太空站，由于之前那只在地球下水道里乱窜的虫子，降职为上校，派驻在此。
而他的好友卡尔发现天空元帅艾米·斯纳普的阴谋后，通过心灵感应告诉了随联邦远征舰队再一次攻击虫族母星克兰达夫的新约翰·a·沃登号舰长卡门，并让卡门临阵脱逃前往火星寻找瑞科，于是“宿命3人组”再次联手。在好友卡尔用通过心灵制造的前女友迪兹·弗洛雷丝的精神体一路陪伴和鼓励下，瑞科找到了大气改造器里的q弹，挫败了天空元帅艾米·斯纳普的计划，火星得以保全。天空元帅艾米·斯纳普的支持率直线下滑，狼子野心逐渐败露，最终只能选择流亡星际。而瑞科则被卡尔恢复了将军之职，与新约翰·a·沃登号舰长卡门携手加入了反攻火星的任务。