和魏茨泽克等德国专家也被认为是该领域的领导者。很多人判断，德国在核武器研发方面可能领先有两年之多。海森堡深度参与德国的核武器研制早已不是什么秘密。早在两年前的1942年，因为实在是担心德国率先造出原子弹，海森堡的两名前同事曾向盟军建议，趁他在当年年底苏黎世讲学之际实施绑架，或者至少当面讯问，“套出”一些有关德国核武器研制进展的信息。
1937年7月15日的党卫队周刊（dasschwarzekorps）刊发了物理学家约翰尼斯·斯塔克（johaark）的文章，称海森堡是所谓的“白色犹太人（也就是虽然身体不是犹太人，内在灵魂却是）”，并罗织了一系列的罪状，包括在党刊上发文章捍卫讲授相对论、在1934年斯塔克写效忠信时海森堡拒绝签名、继续在研究所聘用犹太人等等。更可怕的是文章的副标题，称海森堡是“物理学的奧西茨基（奧西茨基因为反对纳粹于1933年被捕，获颁1935年诺贝尔和平奖，并在集中营遭受虐待和酷刑，于1938年柏林的医院病逝。奧西茨基获诺奖后，希特勒随后禁止德国人领取诺贝尔奖）”，被逼到墙角的海森堡选择直接给教育部长、党卫队全国领袖海因里希·希姆莱（herichhiler）写信，要求他们为自己平反，恢复名誉。与此同时，他也准备好了，如果得不到当局支持，就只能离开德国。在给恩师阿诺德·索末菲（arnoldrfeld）的信里，他写道：“如今，我真的看不到其他的选择，如果我捍卫名誉的举动得不到支持，就只能请辞。然而，我觉得还是先问问您。您知道对于我来说，离开德国会是多么痛苦，除非到万不得已我不会这么做。然而，如果是作为二等人，活在这里也什么劲”。
经过长达一年的调查后，1938年的7月21日，海森堡收到了希姆莱的信，信里说，他不赞同那篇文章的指控，并禁止今后再发生对他的攻击。在经历这场可能导致其“身败名裂”的风波后不久，二战爆发。1939年的9月25日，当以前的助手埃利希·贝克（erichbag）找上门来，希望其参与德国的核武器开发时，海森堡找不到任何可以拒绝的理由。他欣欣然前往，并在短短三个月内便全力以赴完成了理论分析报告的上半部分，为德国的核武器